Verschiedene Krankheitserreger sind in der Umwelt unterschiedlich widerstandsfähig (z. B. sterben Riemerellen in der Umwelt innerhalb weniger Tage ab, während Wurmeier über Jahre im Auslauf persistieren können). Organisches Material (tierische Ausscheidungen, Futterreste, Einstreu, Federn), Feuchtigkeit und warme Umgebungstemperaturen begünstigen das Überleben von Krankheitserregern. Durch eine gründliche Reinigung kann die Keimbelastung der gereinigten Oberflächen um bis zu drei Zehnerpotenzen (auf ein Tausendstel der ursprünglichen Belastung) verringert werden. Eine gründliche Reinigung ist auch Voraussetzung für eine erfolgreiche Desinfektion, denn viele Desinfektionsmittel reagieren mit Eiweißen (z. B. in Ausscheidungen, Futterresten und Blut enthalten), wodurch ihre Wirksamkeit auf stark verschmutzten Oberflächen deutlich herabgesetzt wird. Durch die Kombination von Reinigung und Desinfektion kann die Keimbelastung um bis zu sechs Zehnerpotenzen herabgesetzt werden, d. h. im Idealfall auf ein Millionstel der ursprünglichen Belastung. Ein keimfreies, steriles Milieu wird jedoch auch durch die Desinfektion nicht erreicht.

Nach der Ausstallung der Enten sollte der Stall vor einer Wiederbelegung gründlich gereinigt werden. 

Die Reinigung beginnt mit der Entmistung des leeren Stalls. Nach der Trockenreinigung sollte der besenreine Stall nass gereinigt werden. Bei starker Verschmutzung empfiehlt sich dabei die Verwendung von warmem Wasser (optimal: 40 °C) und Reinigungsmitteln nach gründlichem Einweichen der verschmutzten Oberflächen. Zur effektiven Nassreinigung ist der Einsatz von Hochdruckreinigern üblich (Achtung: ungeeignete Düsen, zu geringer Wasserdurchsatz. falsche Spritzwinkel oder ein zu geringer Spritzabstand können zu Materialschäden und weiträumiger Verteilung von Schmutzpartikeln / Keimen führen!).

Der Bedarf an Reinigungsmitteln kann durch eine Vorreinigung zur Entfernung grober Verschmutzungen oder durch gründliches Einweichen deutlich gesenkt werden. Reste von Reinigungsmitteln müssen im Anschluss gründlich mit klarem Wasser abgespült werden, um Oberflächenkorrosionen zu vermeiden und den Desinfektionserfolg nicht zu beeinträchtigen.

Gereinigt werden Stallräume (von oben nach unten), Stalleinrichtung (inkl. Futter- und Tränkelinien von innen), Arbeitsgeräte und Fahrzeuge, Treibhilfen, Verladerampen und andere Gerätschaften mit direktem Kontakt zu den Tieren, Stallvorräume und Vorplätze, Futterlagerbehälter und abschließend auch die zur Reinigung verwendeten Geräte und die dabei getragen Schutzkleidung.

Eine Reinigung ist erfolgreich, wenn alle Oberflächen und Inneneinrichtungen, Behälter, Futter- und Wasserleitungen im Stall sauber sind und das Abwasser keine Schmutzpartikel mehr aufweist.

Da verwendete Waschwasser enthält geringe Mengen an N- und P-haltigen Substanzen und wird deswegen als Flüssigmist definiert.

Eine Desinfektion ohne vorherige gründliche Reinigung ist wirkungslos: „Schmutz kann man nicht desinfizieren!“. Schmutz ist aber nicht immer sichtbar - gerade nicht sichtbare Rückstände (z. B. in Unebenheiten, Rissen und kleinen Öffnungen) schränken die Wirkung von Desinfektionsmitteln stark ein und sichern Keimen das Überleben bis zur nächsten Einstallung. Die Desinfektion sollte deshalb möglichst zeitnah nach der Reinigung erfolgen, um einer erneuten Verschmutzung (z. B. durch Stäube) zuvor zu kommen.

Vor der Desinfektion muss der Stall komplett abgetrocknet sein. Nasse oder feuchte Stellen „verdünnen“ das Desinfektionsmittel und beeinträchtigen dessen Wirkung (Verdünnungseffekt).

Kein Desinfektionsmittel tötet alle Arten von Keimen ab und ist für jede Verwendung geeignet. Bei Erkrankungen oder erhöhtem Infektionsdruck im Mastdurchgang ist es deshalb ratsam, Details zur geplanten Desinfektion mit dem betreuenden Tierarzt bzw. Tierärztin zu besprechen. Grundsätzlich sollten nur von der DVG geprüfte und gelistete Desinfektionsmittel eingesetzt werden. Produkte mit DLG-Gütezeichen sind darüber hinaus auf Materialverträglichkeit u.a. geprüft.

DVG-Liste

Zur Ausbringung muss die vom Hersteller empfohlene Konzentration eingehalten werden. Dabei ist zu beachten, dass für verschiedene Umgebungstemperaturen unterschiedliche Konzentrationen notwendig sind und dass bestimmte Desinfektionsmittel bei Kälte nicht oder nur eingeschränkt wirken (Kältefehler, z. B. Aldehyde). Während der kalten Jahreszeit sollten deshalb bevorzugt Peroxide oder Chlorlösungen eingesetzt werden. Die Ausbringung kann durch Spritz-, Sprüh- oder Aerosolverfahren erfolgen.

Grundsätzlich wird 0,4 l Gebrauchslösung je m² zu desinfizierende Fläche benötigt; für Stalleinrichtungen müssen mind. 30 % zusätzlich eingeplant werden. Die Einwirkzeit der meisten Desinfektionsmittel sollte 2 bis 4 Stunden nicht unterschreiten, auch wenn kürzere Zeiten vom Hersteller angegeben sind. Idealerweise sollte die desinfizierte Stallanlage anschließend 4 bis 5 Tage „leer“ lüften und ruhen.

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